A Justiça Federal veio a ser criada em 1891, pela promulgação da primeira Constituição republicana brasileira. No ano de 1937, com o advento da Constituição que instituiu o "Estado Novo" foi extinta a Justiça Federal de 1ª instância, como órgão do Poder Judiciário. Em 1965, com a edição do AI n° 02 restabeleceu-se a Justiça Federal em 1° grau e, em 1966, pela Lei 5.010 deu-se a reorganização da Justiça Federal. Essa lei criou 44 cargos de juizes federais e juizes federais substitutos.
No Rio Grande do Sul, primeiramente, foram implantadas três varas federais em Porto Alegre, tendo como juízes federais, inicialmente, os Drs. José Néri da Silveira, natural de Lavras, Hermillo Schamann Galant, natural de Alegrete e João César Leitão Krieger, natural de Cachoeira do Sul.
A partir daí a expansão foi constante, com acréscimo no número de varas federais na capital. Contudo, o processo de interiorização da justiça federal começou apenas no final da década de 1980.
A primeira vara federal instalada no interior do Rio Grande do Sul foi localizada na cidade de Rio Grande, em 16 de maio de 1987, titularizada pelo então Juiz Federal Dr. Vilson Darós. Nesse mesmo ano, foi instalada a primeira vara federal em Santa Maria.
Com o constante crescimento da demanda jurisdicional, em 1998, pela Lei 9.664, foram criadas a 2ª e 3ª Varas Federais de Santa Maria.
Após, surgindo necessidade de especialização das varas para maior celeridade e qualidade na prestação jurisdicional foram criadas, em 1999, a Vara de Execuções Fiscais, hoje denominada 4ª Vara Federal, e em 2002 o Juizado Especial Federal, este na forma de adjunto à 1ª Vara Federal de Santa Maria.
Atualmente são 3 juizados especiais federais na Subseção de Santa Maria:
- Juizado Especial Federal Previdenciário - Adjunto a 1ª Vara Federal de Santa Maria.
- Juizado Especial Federal Criminal - Adjunto a 3ª Vara Federal de Santa Maria.
- Juizado Especial Federal Cível - Adjunto a 4ª Vara Federal de Santa Maria.
A Subseção Judiciária de Santa Maria conta ainda com o CEJUSCON - Centro Judiciário de Solução de Conflitos e Cidadania - inaugurado em Agosto de 2011, para atuar na mediação e conciliação em processos de competência federal.